Metafizyczna odyseja

Człowiek jest kluczowym elementem w stworzonym świecie, ale równocześnie odpowiada za jego upadek oraz dąży do jego odnowy. Z powodu ludzkiej winy, cała rzeczywistość stworzona została rozdarta przez podziały związane z czasem i miejscem. Dlatego człowiek powinien skoncentrować się na przywróceniu całości stworzenia do jedności z Bogiem. Kwestia powrotu i jego poszczególnych etapów stanowi zasadniczy temat dzieła "Periphyseon".

Centralnym punktem nauczania o powrocie jest zbawcze dzieło Jezusa Chrystusa. Eriugena szczegółowo omawia filozoficzną chrystologię, traktując Wcielenie Chrystusa jako niezbędny warunek i wzorzec powrotu. Jednakże pojawia się tu problem dotyczący związku między nauką a egzegezą, wiarą a filozofią. Jan Szkot twierdzi, że interpretacja biblijna i naukowe badania świata uzupełniają się, podążając podobnymi ścieżkami i prowadząc ku temu samemu celowi. W tym poglądzie zakorzenione jest przekonanie, że zarówno Księga Pisma, jak i Księga Natury, mają wspólnego autora – Boga, oraz wspólnego czytelnika – człowieka. Dlatego w ramach dyskursu Eriugeny analiza narracji biblijnych odgrywa kluczową rolę, będąc istotnym źródłem wiedzy i ilustracją dla tez systemowych.